Fase E (Kelas X) IPA terpadu mencakup fisika, kimia, dan biologi dalam pendekatan socio-scientific. Pembelajaran difokuskan pada keterampilan proses inkuiri (mengamati, mempertanyakan, merencanakan, menganalisis, mengevaluasi, mengomunikasikan) dengan tema-tema kontemporer: pengukuran ilmiah, virus, struktur atom, hukum dasar kimia, kimia hijau, keanekaragaman hayati, energi terbarukan, dan perubahan iklim.